תוכנית ההכשרה נבנתה על בסיס התפיסה שלפיה תפקיד המגשר בביה"ס דורש ידע ומיומנויות בתחומים מגוונים. התפקיד מחייב מיומנויות בעבודה עם אוכלוסיות שונות: תלמידים, הורי התלמידים, מורים וצוות בית ספרי. המגשר נדרש לידע נרחב בתחום הפסיכולוגיה ההתפתחותית, ידע על מערכת החינוך כמערכת ארגונית, תכני לימוד וכן ידע והכרה של התרבות, השפה וההיסטוריה של יהדות אתיופיה.
בנוסף, להיות בקיא ומסוגל להתמודד עם ההתערבויות שונות – ביקורי בית, שיחות אישיות עם תלמידים והורים, הנחיית שיחות קבוצתיות עם תלמידים, הורים וכיוצ"ב. המגשרים מקיימים פגישות קבועות עם המחנכים ורכזי המקצוע, יועצים, פסיכולוגים ומנהל ביה"ס לצורך עדכונים ודיון מקצועי על תלמידים באופן פרטני וקבוצתי.

בשנת 2007 יזמה העמותה תוכנית של הסבת אקדמאים יוצאי אתיופיה לגישור. בימים אלה סיימו בהצלחה את המחזור הראשון 14 בוגרים שיחלו עבודתם בשנה הבאה.התוכנית פועלת בשיתוף מכללת בית ברל, משלבת התנסות מעשית יחד עם העמקה ולמידה מקצועית ולוותה במשך כל השנה על ידי מנחים מקצועיים מעמותת פידל. שתי תעודות מוענקות לבוגרים אחת תעודת מגשר חינוכי חברתי לבתי הספר ותעודה שנייה מטפל חינוכי לקידום וטיפול בנוער מתבגר.

תוכנית נוספת להכשרת מגשרים חינוכיים מתקיימת במכללת רופין שם משלבים הסטודנטים לימודים לתואר בוגר במינהל עסקים עם התמחות בהגירה ושילוב חברתי ותעודת מקצוע כמגשר בין תרבותי.